1. 阎斌伦三疣梭子蟹增殖放流分子标志方法研究及其效果评价（31472282），国家自然基金，89万元，2015-2018；

2. 阎斌伦三疣梭子蟹性选择机制研究(31072213),国家自然科学基金, 32万元，2013-2015；

3. 程汉良 草鱼脂肪代谢关键酶基因的分子特征及营养调控研究(31101900)， 国家自然科学基金, 78万元，2013-2016；

4. 董志国 彩虹明樱蛤种群发生与扩散的遗传效应研究(31101900),国家自然科学基金, 23万元，2012-2014；

5. 申欣基于线粒体基因组全序列的唇口目苔藓动物系统发育研究(40906067)，国家自然科学基金，19万元，2010-2012；

6. 蔡月凤 多氯联苯（PCBs）对文蛤甲状腺素干扰机制研究( 41706135),国家自然科学基金, 22万元, 2018-2020；

7. 阎斌伦滩涂高效健康养殖技术研究与示范（2006BAD09A06）， “十一五”科技支撑项目，200万元，2006-2010；

8. 阎斌伦滩涂养殖污染控制与清洁生产技术研究与开发（2006BAD09A01），“十一五”科技支撑项目，32万元，2006-2010；

9. 阎斌伦海水池塘高效清洁养殖关键技术研究（项目编号：2011BAD13B03），“十二五”科技支撑项目，72万元，2011-2015；

10. 阎斌伦国家藻类产业技术体系连云港综合试验站,农业部产业技术体系，200万元, 2017-2019；

11. 董志国国家贝类产业技术体系连云港综合试验站,农业部产业技术体系，200万元, 2017-2019；

12. 阎斌伦苏北浅滩紫菜养殖区筏架定生绿藻调查与防控(2016ASKJ02-1)，青岛海洋科学与技术国家实验室，200万元, 2016-2018；

13. 申欣水母幼体检测方法体系的构建(2016ASKJ02-2)， 青岛海洋科学与技术国家实验室，50万元, 2016-2013；

14. 阎斌伦海水养殖甲壳类低温种质库及三疣梭子蟹遗传连锁图谱构建（P2009-18），江苏省水产三新工程项目，50万元，2009-2011；

15. 阎斌伦江苏浅海域抗风浪网箱养殖技术研究与集成(D2014-17)，江苏省水产三新工程项目，150万元，2015-2017；

16. 阎斌伦脊尾白虾快速生长新品系选育（BE2013363），江苏省农业科技支撑计划，50万元，2013-2016；

17. 高焕三疣梭子蟹分子标志方法研究及其在海州湾放流中的应用（BKJA240001），江苏省教育厅自然基金重大项目，15万元，2013—20

18. 王淑军海洋右旋糖酐酶产业化工程技术及酶制剂产品开发应用研究（BE2016702），江苏省自然科学基金，25万元，2016-2019；

19. 王淑军基于晶体结构的超嗜热古菌高温α-淀粉酶热稳定性不依赖钙离子的分子机制研究（31271929），国家自然科学基金，78万元，2013-2016；

20. 王淑军新型海洋低温淀粉酶规模化开发和工业应用关键技术研究（201205020-8），国家海洋公益项目，47万元，2012-2015；

21. 王淑军江口附近海岸带生态修复及生物资源利用技术及示范（2012BAC07B03），国家科技支撑计划课题，42万元，2012-2015；

22. 王淑军海洋右旋糖苷酶的中试及前期应用研究（2011AA09070302），科技部高技术研究发展计划（863），93万元，2011-2014；

23. 王淑军连云港近岸海域沉积物中微生物群落结构与功能的研究（40746030），国家自然科学基金，13万元，2008-2010；

24. 房耀维海洋Bacillus sphaericus蛋白酶有机溶剂耐受性的分子机制研究（31772016），国家自然科学基金，60万元，2018-2021；

25. 王文彬基于生物质谱和亲和层析策略的大肠杆菌0157：H7特异性抗体的靶蛋白及多肽抗原表位的鉴定与研究（31701680），国家自然科学基金，25万元，2018-2020；

26. 孙颖颖大型海藻中棕囊藻群体感应天然抑制剂、破坏剂和抑藻剂的筛选及其活性评价（41606120），国家自然科学基金，21万元，2017-2019；

27. 吕明生海洋节杆菌右旋糖酐酶的结构功能解析及分子改造研究（31471719） ，国家自然科学基金，82万元，2015-2018；

28. 暴增海防治水稻纹枯病的高效、安全海洋微生物制剂创制与应用关键技术研究（BE2016335），江苏省自然科学基金，80万元，2016-2018；

29. 杜云建脱腥酶解紫菜浆在面制品中的应用关键技术研究（BY2016057-03），江苏省自然科学基金，15万元，2016-2018；

30. 朱强风控式多功能固体发酵罐研制及发酵工艺研究（BY2016057-05），江苏省自然科学基金，15万元，2016-2018；

31. 刘姝海州湾黄海葵共附生放线菌种群结构及抗菌活性菌株筛选（BK20151282），江苏省自然科学基金，10万元，2015-2018；

32. 郭雷 海洋黄柄曲霉源大黄素-8-甲醚抗水产病原哈氏弧菌的效应及作用机理研究（BK20151283），江苏省自然科学基金，10万元，2015-2018；

33. 徐军田长期海洋酸化对大型海藻生活史不同阶段光能利用机制的影响(41476097),国家自然科学基金面上项目，95万，2015-2018；

34. 徐军田UV辐射对大型海藻固碳作用的影响：正面效应与机制(41106093),国家自然科学基金青年项目，26万，2012-2014；

35. 秦 蕾EvpP在迟缓（杀鱼）爱德华氏菌与大菱鲆巨噬细胞互作关系中的角色研究（31602188），国家自然科学基金青年项目，20万，2017-2019；

36. 孙颖颖 大型海藻中棕囊藻群体感应天然抑制剂、破坏剂和抑藻剂的筛选及其活性评价（41606120），国家自然科学基金青年项目，21万，2017-2019；

37. 孙颖颖6种大型海藻苯丙烷类抑藻活性物质的分离纯化及其对3种赤潮微藻的抑制作用（BK20140446），省自然科学基金青年项目，20万，2014-2017；

38. 毕可然 水生甲壳动物病原-需钠弧菌胞外毒力因子检测及致病机理研究（BK20140444），省自然科学基金青年项目，20万，2014-2017；

39. 秦 蕾迟缓爱德华氏菌侵染大菱鲆巨噬细胞的蛋白质组学研究（BK20140442），省自然科学基金青年项目，20万，2014-2017；

40. 高迎莉鱼类浸泡免疫后抗原摄入和抗体应答的差异性研究 （BK20170450），省自然科学基金青年项目，20万，2018-2020；

41. 徐军田 近海海洋酸化对绿潮藻浒苔不同生长阶段的影响(BK20161295),江苏省自然科学基金项目，10万，2016-2019；

42. 王兴强虾贝参生态防病高效养殖模式研究（BY2016057-02），省科技厅产学研前瞻性联合研究项目，15万元，2016-2018；

43. 王兴强杂交鲟工厂化生态养殖关键技术集成与示范（BN2016060）；省科技厅苏北科技专项资金项目，35万元，2016-2018。