重要海水养殖鱼类的免疫系统发育规律、生殖调控机理及性别决定机制；重要海水养殖鱼类病菌病的发生机理、病原菌致病作用过程及其疫苗研制和应用；研究产生海洋生物病害的主要病原微生物的遗传基础和感染机制，揭示海水养殖生物病害与海洋环境之间的关系；海水养殖生物重要病原微生物的分离纯化和鉴定；病原微生物的致病机理；病原微生物和宿主之间的相互作用重要病原体的体外培养及保存技术，开发广泛流行病害的诊断、监测和检疫技术、重要养殖对象的无特异性病原种苗（SPF）和抗特异性病原菌种苗（SPR）生产技术，以及大规模流行性病害的防治技术；海水养殖生态学研究。