研究海洋动物早期发育过程中相关功能基因和调节基因的结构、功能、表达图式及发育调控机理；利用基因工程和细胞工程对重要海水养殖鱼类进行遗传改良，包括多倍体海水鱼和单性养殖群体的培育技术及转基因海水鱼研究；开展海洋鱼虾贝细胞工程育种和分子生物学研究，探索繁殖与遗传规律，发展生殖与遗传操作的高新技术，提高养殖对象的产量和品质；重要功能基因的克隆、表达和调控技术；重要功能基因或遗传标记在染色体上定位的关键技术；培育和筛选高产、优质、抗逆的海水养殖品种，进行种质资源调查和遗传背景分析；对人工增养殖条件下品种的适应性、增养殖技术、增养殖经济效益、环境效益及应用前景进行研究；从个体、细胞和基因不同层次对海洋生物特别是养殖动植物的核心种质进行鉴定、保存和开发利用，为逐步建立海水养殖鱼类种质库、海水养殖贝类种质库奠定基础；利用所保存的物种、家系、细胞和基因资源，对养殖生物种质进行遗传改良和定向选育。挖掘、保存、开发和利用我国海洋增养殖生物特有高效、高值基因资源。通过杂种优势多代利用，综合育种技术等选育和改良海水增养殖鱼类、贝类，并培育新的养殖品种。