海洋生物技术重点实验室下设1个办公室，3个研究室及1个中央与地方共建分析测试平台，其中3个研究室分别是：海洋生物种质资源和遗传育种研究室、海水养殖环境与病害防治研究室、海洋生物制品研究室。